Nell’area del Carso sono presenti numerosi habitat diversi, tra i quali ben 5 sono habitat “prioritari” secondo la classificazione dell’Unione Europea. Sono habitat prioritari, ad esempio, i pavimenti calcarei e i ghiaioni della Val Rosandra. Non meno importanti sono gli altri habitat di interesse comunitario, come le falesie di Duino, unico esempio di scogliere alte della coste adriatiche settentrionali e habitat ideale per la Centaurea kartschiana che qui concentra la maggior parte della sua popolazione, la lecceta extrazonale della costiera triestina, la vegetazione acquatica e ripariale presso il fiume Timavo, i laghi carsici di Doberdò e Pietrarossa e le praterie alofile a salicornie annuali (Lisert) che qui raggiungono il limite più settentrionale della loro area di distribuzione nel bacino mediterraneo.
Gli habitat di interesse comunitario presenti nel sito sono 20, di cui 5 prioritari:
Gli habitat della direttiva, descritti e classificati nell’“Interpretation Manual of European Union Habitats” tuttavia, presentano alcune difficoltà di utilizzo ed applicabilità nel contesto regionale. Per migliorare e risolvere queste difficoltà e dotarsi di strumenti metodologici adeguati, la Regione ha provveduto allo sviluppo di un Manuale degli habitat del Friuli Venezia Giulia attraverso un apposito programma di ricerca con il Dipartimento di Biologia dell’Università degli Studi di Trieste.
Il Manuale consiste di una classificazione di tipo gerarchico di tutti gli habitat presenti nel territorio regionale (quindi non solo di quelli individuati ai sensi della Direttiva Habitat 92/43/CEE); è organizzato in schede descrittive d’ogni singolo habitat, con una chiave di riconoscimento degli habitat e con tabelle di conversione tra vari sistemi di classificazione esistenti.